Отсюда вопрос: возможна ли ситуация, когда в научном исследовании одного из братьев, пусть и не явно, но раскрывается то, что может быть воспринято, другими членами ложи, как масонская тайна? И если да - то каков выход из этой ситуации?
Тут многое зависит от отношения братьев, среди которых были, есть и будут т.н. "охранители". В каком-то смысле гораздо удобнее заниматься исследованием масонства, не проходя физического масонского посвящения в одной из конкретных Лож, - тогда не услышишь многочисленных упреков, что это дескать публиковать нельзя, об этом говорить не стоит и т.д. Хотя все это не более чем секрет Полишинеля.., Ритуалы, внутренние документы - все давно опубликовано и размещено в интернете - кто хочет - тот найдет. Поэтому масон подвергается критике и за то и за се, а главное - за якобы разглашение того, что исследователь- не масон использует совершенно свободно, даже не задумываясь о нелепых запретах.
Но масонская тайна, конечно, состоит не в этом. В частности, в ритуале главное - это не столько формальный сюжет и определенная последовательность действий и слов, сколько вся цепочка изменений того, кто проходит посвящение, и тех, кто его проводит. Но Ваш вопрос не о том, ЧТО есть масонская тайна, а о том, что делать, если она всплывет в научном исследовании.
На мой взгляд, в чисто научном исследовании может всплыть лишь самое незначительное, хотя именно за это незначительное и сыплются в основном упреки, да (но это такой базовый уровень). Вещи более серьезные и глубокие охраняют себя еще и тем, что они сами по себе малопонятны и могут шокировать, так как обычные люди наполнены всевозможными фобиями, многие темы для них просто табуированы. Я сам до последнего честно считал, что масонская тайна сама себя защищает и что нет ничего страшного в том, чтобы писать в зодческих о личном масонском опыте - типа кто поймет - тот поймет. Но после посвящения в третий градус пришло понимание, что даже при желании я не могу писать все как есть, даже если захочу, - это лишь нанесет вред всем сторонам: этого не поймут ни братья, ни профаны, а кто поймет - тот и так это уже знает 
то есть для него это лишь сверка собственных мистических переживаний.
Если говорить о передаче масонской тайны в исследованиях или вообще в текстах, то адаптация ее неизбежна, нужно все оформить либо в художественную повесть, либо в сказку, либо изложить чисто теоретически со ссылкой на кого-нибудь другого. В древности был проверенный способ - писали книгу и приписывали ее авторство кому-нибудь, кто уже давно умер и репутации которого это не повредит
